For 6.000 år siden, midt i stenalderens Danmark, er to verdener på kollisionskurs. Som de første bønder nogensinde ankommer den unge kvinde Aathi med sin familie til det sydlige Skandinavien, i dag kaldet Danmark. Efter et skæbnesvangert møde med en lokal jægerstamme, bliver hele familien, undtagen Aathi og hendes lillebror Tharan, slået ihjel. Alene i den gigantiske og farlige urskov, har de to søskende ikke andet valg end at søge tilflugt hos den jægerstamme, der slog familien ihjel. Her bliver de tvunget til at indordne sig jægernes livssyn, tro og traditioner. Gradvist bliver kravene til hvad Aathi må underlægge sig mere og mere nådesløse, og Aathi må beslutte sig for om hun vil tage hævn.

Fremmed er et intenst overlevelsesdrama og den første danske film nogensinde, der udspiller sig i stenalderen på et fiktivt før-skandinavisk sprog, der er skabt specielt til filmen.