Året er 1945, og andre verdenskrig er endelig over. Danmark er fritt, men splittet. Mye har endret seg hos familien Skov, Karl og Evas ekteskap er tyntslitt, og Eva bestemmer seg for å forlate mannen sin. Samtidig venter et brutalt rettsoppgjør for Karl og de som samarbeidet med nazistene under krigen. Sønnen Aksel, som var en del av motstandskampen, ser på med økende frustrasjon mens landet kjemper for å gjenoppbygge seg selv – og underveis ser de drømmen om et nytt og bedre Danmark gå i oppløsning. De forbannede årene 3 er en sjelden fortalt historie om rettsoppgjøret som fulgte etter krigen, og som preget det danske samfunnet i mange år etterpå.