Når den lekne blekkspruten Blekken får sin undersjøiske fiskekoloni i vanskeligheter, beordrer stammelederen Kraken Blekken til å finne hjelp. Sammen med sin plaskende bestevenn - en frekk reke og en fjollete blå fisk tar Deep en episk, fargerik reise gjennom nedsunkede byer og nedsunkede skip, hvor de møter skumle skapninger som hjelper trioen på vei.