Mother skildrer sju avgjørende dager i 1948, da abbedissen Teresa (Noomi Rapace) venter på Vatikanets tillatelse til å forlate klosteret sitt i India for å drive misjon på egen hånd. Samtidig får hun en rystende beskjed fra sin antatte etterfølger i klosteret, søster Agnieszka (Sylvia Hoeks fra Blade Runner 2049).