Året är 1945 och andra världskriget är äntligen slut. Danmark är fritt, men splittrat. Hos familjen Skov är Karls och Evas äktenskap slitet, och Eva bestämmer sig för att lämna sin man. Samtidigt väntar en brutal rättsuppgörelse för Karl, som på uppmaning av den danska regeringen samarbetade med nazisterna under kriget. Sonen Aksel och hans vänner i motståndsrörelsen ser med växande frustration hur landet kämpar för att återuppbygga sig medan målet om ett nytt och bättre Danmark smulas sönder. De förbannade åren 3 är en sällan berättad historia om den rättsuppgörelse som följde efter kriget och som präglade det danska samhället i många år efteråt.