On vuosi 1945, ja toinen maailmansota on viimein ohi. Tanska on vapaa, mutta jakautunut. Skovin perheessä Karlin ja Evan avioliitto on kulunut loppuun, ja Eva päättää jättää miehensä. Samalla Karlia odottaa ankara oikeudenkäynti, sillä hän teki yhteistyötä natsien kanssa sodan aikana Tanskan hallituksen kehotuksesta. Poika Aksel, joka oli osa vastarintaliikettä, seuraa kasvavan turhautumisen vallassa, kun maa kamppailee rakentaakseen itsensä uudelleen – ja samalla haave uudesta ja paremmasta Tanskasta alkaa murentua. After the Darkness on harvoin kerrottu tarina sodan jälkeisestä oikeudenkäynnistä, joka leimasi tanskalaista yhteiskuntaa monien vuosien ajan.